Ancak uygulama karşımıza pek çok özel durumu da çıkartabilmektedir. Bu gibi durumlarda ise idari anlayış ve yorum ancak özelgeler aracılığı ile belirlenebilmektedir. Nitekim özelgeler pek çok olayda mükelleflerin yorumunu kolaylaştırmakta veya onlara yol gösterici olmaktadır. 
Vergiye uyumlu mükelleflere vergi indirimi uygulamasına ilişkin bir kısım özelgeleri daha önce özetlemiştim. Ancak o günden bu yana yayımlanan özelgeleri de dikkate alarak listeyi güncelledim.

- İlgili vergi mevzuatı uyarınca tecil edilerek belirlenen şartların gerçekleşmesi halinde terkin edilecek vergilerin, söz konusu şartların sağlanamaması durumunda, kanunlarında öngörülen tecil süresinin bitiminden itibaren 15 gün içerisinde ödenmesi halinde, tahakkuk eden vergilerin kanuni süresi içerisinde ödenmiş olması şartı ihlal edilmiş sayılmayacaktır.

- Adi ortaklığın borçlarından ortakların müteselsilen sorumlu olmaları nedeniyle; adî ortaklığın ilgili yıllarda kanuni süresinde verilen beyannamelere istinaden tahakkuk eden vergileri süresinde ödememesi durumunda, ortaklarının vergiye uyumlu mükelleflere sağlanan vergi indiriminden yararlanması mümkün bulunmamaktadır.

- Özel kanunlar ile yapılan matrah artırımı kapsamındaki ödemelerin kanuni süresinden sonra yapılması bu beyannameler üzerine tahakkuk eden vergilerin kanuni süresinde ödenmiş olması şartının ihlali sayılmaz.

- Vergi inceleme raporuna istinaden tarh edilen vergilerin ve kesilen cezaların 6736 sayılı Kanun’dan faydalanılarak (yapılandırılarak) ödenmiş olması halinde vergiye uyumlu mükelleflere sağlanan %5'lik vergi indiriminden yararlanılması mümkün bulunmamaktadır.

- 2013 hesap dönemine ilişkin olarak 2016 yılında düzenlenen vergi inceleme raporuna istinaden tarh edilen vergilerin ve kesilen cezaların, Gelir Vergisi Kanunu’nun mükerrer 121’inci maddesi kapsamında kesinleşmiş yargı kararlarıyla veya 213 sayılı Vergi Usul Kanunu’nun uzlaşma ya da düzeltme hükümlerine göre tamamen ortadan kaldırılmaksızın, 6736 sayılı Kanun’dan faydalanılarak ödenmiş olması nedeniyle, ilgili dönemlerde vergiye uyumlu mükelleflere sağlanan %5'lik vergi indiriminden yararlanma mümkün değildir.

- Öngörülen şartları taşımadığının sonradan tespiti hâlinde ilgili vergilendirme döneminde indirim uygulaması dolayısıyla ödenmeyen vergiler, vergi ziyaı cezası uygulanmaksızın tarh edilir.
- Şartları taşımayan indirim uygulaması dolayısıyla ödenmeyen vergiler açısından zamanaşımı, yapılan tarhiyatın kesinleştiği tarihi takip eden takvim yılının başından itibaren başlar.

- Kanunî süresinde sorumlu sıfatıyla verilmesi gereken 2 no’lu KDV beyannamesinin kanuni süresinden sonra verilmesi de Gelir Vergisi Kanunu’nun mükerrer 121’inci maddesinde yer alan %5'lik vergi indirimden yararlanma olanağını ortadan kaldırır.

- Kanuni süresi içerisinde verilen bir beyannameye ilişkin olarak, kanuni süresinden sonra düzeltme amacıyla veya pişmanlıkla verilen beyannameler vergi indiriminden yararlanılmasına engel teşkil etmez. Ancak, indirimden yararlanılabilmesi için bu beyannameler üzerine tahakkuk eden vergilerin de kanuni süresi içerisinde ödenmiş olması gerekmektedir. Kanuni süresinden sonra düzeltme amacıyla verilmiş muhtasar beyannamede tahakkuk eden vergilerin kanuni süresinden sonra ödenmesi halinde, Gelir Vergisi Kanunu’nun mükerrer 121’inci maddesinde yer alan indirimden yararlanmak mümkün değildir.

- Uluslararası trafikte gemi işletmeciliği faaliyeti ile uğraşan ve Türkiye'de dar mükellef olarak vergilendirilen Şirketin, Türkiye’de AŞ şeklinde bir acentesinin bulunması ve Şirketin tüm vergi ve yasal yükümlülüklerini yerine getirmesi, şirket adına tespit edilen tüm eksik yükümlülüklere ilişkin ceza ve ihbarnamelerin ise Türkiye’deki acente AŞ adına düzenlenmiş olması, şirketin herhangi bir vergi borcunun bulunmaması durumunda; Şirketin tüm vergi ve yasal yükümlülükleri ile şirket adına tespit edilen tüm eksik yükümlülüklere ilişkin ceza ve ihbarnamelerde acente durumundaki AŞ’nin muhatap olarak alınması Kurumlar Vergisi Kanunu’nun 28’inci maddesi hükmü gereği bu işlemlerin tamamı şirket hesabına yapıldığından ve verginin mükellefi de şirket olduğundan, Gelir Vergisi Kanunu’nun mükerrer 121’inci maddesinde yer alan şartların sağlanamaması halinde şirketin söz konusu vergi indiriminden yararlanması mümkün bulunmamaktadır.

- Mevcut bir kurumun başka bir kurumu devralması suretiyle gerçekleşen birleşmelerde devralan kurumun Gelir Vergisi Kanunu’nun mükerrer 121’inci maddesinde yer alan indirim hükmünden faydalanabilmesi için devralan ve devrolunan kurumların her ikisinin de maddede yer alan şartlan sağlaması gerekmektedir. Buna göre, Gelir Vergisi Kanunu’nun mükerrer 121’inci maddesinde yer alan "İndirimin hesaplanacağa beyannamenin ait olduğu yıl ile bu yıldan önceki son iki yıla ait vergi beyannamelerinin kanuni süresinde verilmiş olması" şartı, birleşme neticesinde devir alınan ve devralan A.Ş. açısından sağlanamadığından kurumlar vergisi beyannamesinde söz konusu vergi indiriminden faydalanmak mümkün bulunmamaktadır.

- Bir limitet şirketin anonim şirkete dönüşmesi durumunda limitet şirkete ait kıst dönem beyannamesi de dahil olmak üzere dönüşüm öncesi limitet şirketin son iki yıla ilişkin tüm vergi beyannamelerinin kanuni süresi içerisinde verilmiş ve bu beyannameler üzerine tahakkuk eden vergilerin de kanuni süresi içerisinde ödenmiş olması, ayrıca 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunu’nun mükerrer 121 inci maddesinde yer alan diğer şartların da bulunması halinde kurumlar vergisi beyannamesinde %5 vergi indirimi uygulamasından yararlanmak mümkün bulunmaktadır