3218 sayılı Serbest Bölgeler Kanunu’nun ilk şeklinde bu bölgelerde çalışanların ücretleri gelir vergisinden muaf tutulmuştu. Daha sonra 5084 sayılı Kanun’la bu muafiyet kaldırılmakla birlikte 31.12.2008 tarihini geçmemek üzere serbest bölgelerde çalışan şirketlerin ruhsat tarihleri sona erene kadar uygulanması öngörülmüştü. Bundan sonra da 5810 sayılı Kanun’la, bu bölgelerde ürettikleri ürünlerin FOB bedelinin en az %85’ini yurtdışına ihraç eden mükellefl erin istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretlerin, işletme maliyetlerini düşürebilmek amacıyla, gelir vergisinden müstesna tutulmasına devam edilmesi hükme bağlanmıştı. 5810 sayılı Kanun’la yapılan bu son düzenlemenin amacı anılan koşulu gerçekleştiren şirketler için 3218 sayılı Kanun’un ilk şeklindeki muafiyetin sürdürülmesi olarak gerekçelendirilmişti.

Maliye Bakanlığı da 3218 sayılı Kanun’un 5084 ve 5810 sayılı Kanun’larla değişik geçici 3. maddesinin son fıkrasında yer alan “Bu maddenin uygulanmasına ilişkin usul ve esasları belirlemeye Maliye Bakanlığı yetkilidir.” hükmüne istinaden geçici 3. maddenin 5810 sayılı Kanun’la değişik 2. fıkrasında yazılı “Bu bölgelerde üretilen ürünlerin FOB bedelinin en az %85’ini yurtdışına ihraç eden mükellefl erin istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretler gelir vergisinden müstesnadır.” hükmündeki %85 koşulunun gerçekleşip gerçekleşmediğini izleyebilmek maksadı ile 12.3.2009 tarih ve 27167 sayılı Resmi Gazete’de yayımladığı 1 Seri No’lu 3218 sayılı Serbest Bölgeler Kanunu Genel Tebliği ile bazı açıklama ve düzenlemelerde bulunmuştu.

Anılan genel tebliğde konumuza ilişkin olarak yer alan düzenlemeye göre serbest bölgelerdeki şirketler ancak iki şekilde uygulama yapılabilmekteydi. Birinci uygulama türüne göre; serbest bölgede faaliyet gösteren şirketler, söz konusu ücretler üzerinden gelir vergisi kesintisi hesaplamakta, ancak bir form doldurarak bu vergiyi tecil ettirmekteydiler. İkinci uygulama türüne göre ise serbest bölgede faaliyet gösteren şirketler, söz konusu ücretler üzerinden gelir vergisi kesintisi hesaplayarak beyan edip ödemekteydiler. Şirketler daha sonra % 85 ihracat koşulunun gerçekleştiğini YMM raporu ile tevsik ettikleri takdirde ödedikleri vergiyi geri almakta veya tecil ettirdikleri vergiyi sildirmekteydiler.

Bu uygulamayı DÜNYA gazetesinde 15.8.2015 tarihli ve “Serbest Bölgelerde Ücret İstisnası” başlıklı yazımda irdelemiş, bu düzenlemelerin uygulamada söz konusu istisnanın, yani tecil-terkin yoluyla ödenmemiş veya ödenip geri alınmış verginin kime ait olduğu sorununu ortaya çıkardığını, bu konuda iş mahkemelerinde pek çok ihtilaf bulunduğunu yazmıştık. O yazımda bu konudaki özelge ve resmi yazışmaları aktarmıştım. Ayrıca o günden bu yana oluşan içtihatlarla da konu, bu istisnanın işverene yönelik olduğu, çalışanın bu vergi üzerinde hak sahibi olmadığı yönünde oluşmuştur.

Geçtiğimiz günlerde kabul edilip 24.2.2017 günlü Resmi Gazete’de yayımlanan 6772 sayılı Kanun’la, Serbest Bölgeler Kanunu’nun konumuza ilişkin geçici 3. maddesi tekrar değiştirilerek, yukarıda kısaca açıkladığımız uygulamalara son verilmiştir. Yeni düzenlemeye göre, bu bölgelerde üretilen ürünlerin FOB bedelinin en az %85’ini yurt dışına ihraç eden mükellefl erin istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretler üzerinden hesaplanan gelir vergisi, verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edilecektir. Yıllık satış tutarı bu oranın altında kalan mükellefl erden zamanında tahsil edilmeyen vergiler daha sonra cezasız olarak, gecikme zammıyla birlikte tahsil edilecektir.

Yıllık satış tutarının tevsiki bakımından ise Yeminli Mali Müşavir Raporu sunulması uygulaması sanırım devam edecektir. Bu konu kanunda yoksa da, her halde genel tebliğ ile yeni uygulama yöntemine bir açıklama yapılacaktır. Aksi durum, bu istisnayı uygulayarak ücret vergisini muhtasarda tahakkuk eden vergisinden indiren bütün serbest bölge şirketlerinin her yıl incelenmesini gerektirecektir ki bu da İdare açısından büyük bir iş yükünü oluşturacaktır.

Bu değişiklik, tahakkuk aşamasında silinen verginin Şirkete ait olduğunu daha açık ortaya koyduğu gibi çalışanların hak iddiası taleplerini de her halde sonlandıracaktır.